وظایف و اختیارات شورای عالی مالیاتی به شرح زیر است:
1- تهیه آییننامه‌ها و بخشنامه‌های مربوط به اجرای این قانون در مواردی که از طرف وزیر امور اقتصادی و دارایی یا رئیس کل سازمان امور مالیاتی کشور ارجاع می‌گردد و یا در مواردی که شورای عالی مالیاتی تهیه آن را ضروری می‌داند پس از تهیه به رئیس کل سازمان امور مالیاتی کشور پیشنهاد کند.
2- بررسی و مطالعه به منظور پیشنهاد و اعلام نظر در مورد شیوه اجرای قوانین و مقررات مالیاتی و همچنین پیشنهاد اصلاح و تغییر قوانین و مقررات مالیاتی و یا حذف بعضی از آنها به وزیر امور اقتصادی و دارایی یا رئیس کل‌سازمان امور مالیاتی کشور.
3- اظهار نظر در مورد موضوعات و مسایل مالیاتی که وزیر امور اقتصادی و دارایی یا رئیس کل سازمان امور مالیاتی کشور حسب اقتضا برای مشورت و اظهار نظر به شورای عالی‌مالیاتی ارجاع می‌نماید.
در موارد موضوع این بند نظر اکثریت اعضای هیأت عمومی شورای عالی مالیاتی موضوع ماده (258) این قانون پس از تنفیذ وزیر امور اقتصادی و دارایی یا رئیس کل سازمان امور مالیاتی کشور، حسب مورد، برای کلیه مأموران و مراجع مالیاتی لازم‌الاتباع است.[1]
4-رسیدگی به آرای قطعی هیأتهای حل اختلاف مالیاتی که از لحاظ عدم رعایت قوانین و مقررات موضوعه یا نقص رسیدگی مورد شکایت مودی یا اداره امور مالیاتی واقع شده باشد.
(1) به موجب ماده 52 قانون مالیات بر ارزش افزوده مورخ 1400/03/02 در بند 3 ماده 255 عبارت «نظر اکثریت اعضای شورای‌عالی مالیاتی » به عبارت «نظر اکثریت اعضای هیأت عمومی شورای عالی مالیاتی موضوع ماده (258) این قانون » تغییر یافت.
ضمنا قبلا به موجب بند 55 ماده واحده قانون اصلاح قانون مالیاتهای مستقیم، مصوب 1394/04/31 عبارت «در موارد موضوع این بند نظر اکثریت اعضای شورای‌عالی مالیاتیپس از تنفیذ وزیر امور اقتصادی و دارایی یا رئیس کل سازمان امور مالیاتی کشور، حسب مورد، برای کلیه مأموران و مراجع مالیاتی لازم‌الاتباع است»به انتهای بند (3) ماده(255) قانون الحاق شد.