ماده ۴۷- پرونده‌های مالیات بر ارزش افزوده که تاریخ تعلق آنها قبل از لازم‌الاجراءشدن این قانون است، از نظر تعیین مأخذ مشمول مالیات و نرخ مالیات، جرایم و تکالیف مؤدیان و مأموران مالیاتی و نحوه رسیدگی تابع قانون مالیات بر ارزش افزوده مصوب ۱۳۸۷/۲/۱۷ می‌باشد، اما در مورد رفع اختلاف سازمان با مؤدی، قطعیت، وصول، توزیع و تسویه، تابع احکام و مقررات این قانون است.