فروش رسمی و صدور چک در وجه فروشنده

سلام دوستان. برای فروش های رسمی باید چکهای دریافتی از مشتری حتما بنام فروشنده ثبت شوند؟ ما دو تا کارگاه داریم که هر کدام از کارگاه ها بنام یک فرد حقیقی هست . حالا درواقع از کارگاه الف فروش داشتیم . اما کارفرما میگه توی فاکتور رسمی فروش از کارگاه ب ثبت کنیم چون خریدار چک ها رو در وجه کارفرمای کارگاه ب ثبت کرده. این درسته ؟ چه مشکلی ممکنه بوجود میاد ؟