هر شماره مالیاتی مرجع تنها یکبار قابل استفاده می باشد
مشمولین اجرای سامانه مودیان باید به این نکته توجه داشته باشند که در سامانه مذکور نمی توان مانند سامانه صورت معاملات فصلی اطلاعاتی را به صورت دستی وارد و ویرایش کرد و کلیه اقدامات لازم در سامانه مودیان در حال حاضر به صورت سیستمی و از طریق اتصال نرم افزار حسابداری مورد استفاده توسط مودی به سامانه مذکور قابل انجام است. در همین راستا چنانچه مودی برای صورتحساب اصلی (مرجع) صورتحساب برگشت از فروش صادر کند، شماره منحصر به فرد مالیاتی صورتحساب اصلی باید در صورتحساب برگشت از فروش به عنوان شماره صورتحساب مرجع ثبت شود.
حال اگر برای صورتحساب برگشت از فروش صادر شده، صورتحساب برگشت از فروش جدیدی صادر شد، شماره اولین صورتحساب برگشت از فروش به عنوان شماره صورتحساب مرجع در صورتحساب جدید ثبت می گردد چراکه در سامانه مودیان هر شماره مالیاتی مرجع تنها یکبار قابل استفاده می باشد.