فاکتور پیمانکاری یا عادی

با سلام من حسابدار یک شرکت  خدمات پس از فروش خودرو هستم قراردادی با یک شرکت جهت سیستم های خدمات پس از فروش امضا کردم الان حسابدار آن شرکت اعلام کردن که در سامانه هر دو روش پیمانکاری و فروش می توانند برای من در سامانه مودیان ارسال کنند ، چون تمامی فاکتورهای ارسالی برای من در نوع فروش می باشد و پیمانکاری نمی باشد به نظر شما اگر فاکتور فروش نرم افزار برای اینجانب ارسال گردد مشکلی در سیستم مالیاتی و یا موارد دیگر ایجاد می کند یا خیر  فرقی ندارد؟ با تشکر از زحمات شما