ایجاد پرونده دوم مالیاتی برای شخص حقیقی

با سلام ما در یک مجموعه صنعتی و معدنی مشغول هستیم که پروانه بهره برداری معدن به اسم مالک حقیقی هست. حالا در کنار فرآیند بهره برداری و استخراج خاک معدنی مشغول به فرآوری و ذوب این ماده معدنی در یک کارخانه هستیم که محل کارخانه اساساً اجاره شده . برای چندین سال مشکل ما با سازمان امورمالیاتی این بود که اینها برای ما هم درآمد و فروش از محل معدن در نظر میگرفتند هم از محل کارخانه که با هزار دلیل و توجیه قانع کردیم که ما در کارخانه بار استحصال شده معدن خود را مورد ذوب قرار میدهیم . یکی دو سال ازما خواستند که همه فعالیت ها در قالب یک پرونده مالیاتی انجام بشه و ما تمکین کردیم و همه فعالیت ها از جمله فعالیت های کارخانه رو هم تو پرونده اول که نوع فعالیت بهره  برداری معدن ثبت شده اقدام کردیم اما الان از ما خواستن که دوتا پرونده مالیاتی جدا برای هر واحد تشکیل بدیم و خاک استحصال شده معدن رو فروش به بهره بردار یا عرضه به خود ثبت کنیم و میزان مالیات ارزش افزوده رو با صدور سندو فاکتور اعتبار مالیاتی لحاظ کنند و درآمد کارخانه رو مجزا و جداگانه از براورد درصد خاک استحصالی از میزان عیار مندرج روی پروانه . به نظر شما ایجاد دو پرونده برای یک شخص حقیقی که هر دو فعالیت مکمل فعالیت دیگه است ایرادی نداره؟ و اینکه برای محاسبه درآمد عملکرد، سازمان از دو منبع برای ما استفاده خواهند کرد؟