صدور فاکتور نقد و نسیه بابت شرکتهای پیمانکاری

با سلام با توجه به اینکه در قرارداد های پیمانکاری اصولآ کارفرما سپرده بیمه و حسن انجام کار را طبق قوانین از مبلغ صورت وضعیت و فاکتور کسر و الباقی مبلغ فاکتور و صورت وضعیت را پرداخت می نماید، برای ثبت فاکتور در سامانه مودیان به چه صورت باید عمل شود؟ آیا باید کل فاکتور را (با وجود پرداخت نشدن سپرده ها) نقدی بزنیم و سپرده های کسر شده را جزئی از پرداخت حساب کنیم و یا  سپرده کسر شده را نیز باید در بخش مبلغ نسیه منظور نماییم؟ با سپاس