احتساب و دریافت مالیات بر ارزش افزوده برای ترخیص کار

با عرض سلام و خسته نباشید ما شرکت وارد کننده گوشت منجمد هستیم. کالا وارد بندر عباس می شود و  ترانزیت به تهران و سردخانه ما ارسال می شود.ما به  ترانزیت کننده یا ترخیص کار   مبالغی را پرداخت می کنیم که هزینه های بندری را پرداخت کنند و بعد از آن برای ما صورتحساب ارسال می کنند. مبالغی به اداره بنادر و دیگر سازمان ها 10% ارزش افزوده پرداخت می گردد بعد از آنکه ترخیص کار برای ما صورتحساب  ارسال می کند روی مبالغ پرداختی دوباره 10% ارزش افزوده دریافت می کند . آیا این مورد درست می باشد و مورد بعد این که اگر ما پول را پس از دریافت صورتحساب بپردازیم  باید دوباره ارزش افزوده پرداخت کنیم ؟